1988년 2월 25일 노태우 대통령이 취임하면서 시작된 제6공화국 아래에서도 영덕군의 행정직제의 변화는 상당하였다. 이러한 행정직제 개편 중에 우선 1988년에 신설된 기획실을 들 수 있다.
  기획실은 종전의 내무과에 소속되어 있던 기획예산계를 기획계, 예산계로 분리한 후 서무통계계에서 분리하여 나온 통계계를 합쳐서 새로이 기획실을 신설한 것이다. 따라서 1989년도의 군 행정직제는 3실 9과 2소가 되었다.
  1989년에 들어와서는 군내의 위민실과 농촌지도소의 기술담당관제가 폐지되고 새로이 사회지도과와 기술보급과가 신설되어 군 행정직제는 2실 11과 2소 59계로 확대되게 되었다.
  1991년에 들어와서는 지역경제과와 환경보호과, 지적과, 가정복지과, 그리고 의회사무과가 새로이 신설되었으며, 1992년에는 도시과가 추가로 신설되어 1992년 현재에는 2실 17과 3소 67계(본청)로써 군 행정을 펼쳤다.
  노태우대통령의 제6공화국 후반인 1992년 12월 18일에 실시된 제14대 대통령 선거에 김영삼, 김대중, 정주영 외에 4인의 후보가 출마하여 치열한 접전을 벌인 결과 김영삼 후보가 제14대 대통령에 당선되었다. 따라서 김영삼 정권인 문민정부가 들어서게 되었다.
  문민정부 아래에서도 영덕군의 일부 행정직제의 변천이 있었다. 특히 1993년에는 종래에 중요시 되었던 새마을과가 폐지되고, 대신에 사회진흥과가 신설되어 군 행정조직은 2실 15과 3소 65계가 되었다.
  1995년에 들어와서는 가정복지과가 가정복지계로 축소되면서 과 자체가 폐지되어 사회과 소속으로 되면서 사회과가 사회복지과로 개편되었다. 한편 도시과도 이때 폐지되어 새로이 신설된 관광개발과가 도시과의 기능 중 일부를 담당하게 되었다. 한편 문화공보실의 기능도 줄어들어 공보계로 축소되면서 기획실 소속이 되어 문화공보실 자체가 폐지되었다.
  김영삼 대통령의 재임기간 중에는 제1기 전국동시지방선거가 1995년 6월 27일에 실시되어 명실상부한 지방화시대를 열었다. 김영삼 정부에서는 지방화시대를 맞이하여 지방정부의 행정 및 정책 개발능력을 배양하기 위하여 각 지방의 조직을 일부 개편하였는데, 그 중의 대표적인 것이 정책개발실의 신설이다.
  이때의 신설된 정책개발실은 행정경험이 없는 기초자치단체장의 정책개발을 보좌하고 지방자치시대에 있어서 그 지역에 알맞는 정책을 개발하기 위하여 새로이 신설하였다. 이외에도 지방화시대의 대민 행정서비스의 강화를 위하여 민원봉사실이 추가로 신설되기도 하였다.
  이로써 영덕군의 행정직제는 3실 14과 2소 67계가 되어, 지방화시대의 군행정을 전담하고 있다.